Weil Indonesien günstig lag, wurde die Inselgruppe zu einem wichtigen Handelsknotenpunkt auf der Strecke von China nach Indien. Der Islam war schon im 12. Jahrhundert durch Kaufleute in die indonesische Gesellschaft gelangt. Ab dem 15. Jahrhundert stiegen die Handelsbeziehungen zu Arabien und damit die Konversion zum Islam. Es entstanden kleinere islamische Königreiche, die jedoch unbedeutend blieben. Erst im 16. Jahrhundert bildeten sich starke Sultanate in Aceh und Malakka heraus.

Als die Europäer den Seeweg nach Indien entdeckt hatten, übernahmen sie recht zügig den Gewürzhandel. Portugal eroberte strategisch wichtige Punkte für Handel und Militär. Die Portugiesen wurden um 1600 von den Niederländern als Kolonialmacht abgelöst und aus Indonesien wurde Niederländisch-Indien. Aceh hatte sich der Kolonialisierung lange Zeit widersetzen können, musste aber nach 30 Jahren Widerstandskampf aufgeben. Als die niederländische Handelskompanie 1799 zusammenbrach, eroberten die Briten kurzzeitig Indonesien, verloren es aber 1816 wieder an die Niederlande.

Immer wieder kam es zu Volksaufständen, die niedergeschlagen wurden. 1926 rief die Partai Nasional Indonesia unter Sukarno zum Kampf gegen die Niederlande auf. 1942 kam im Zuge der Verwicklungen des Zweiten Weltkrieges die japanische Armee nach Indonesien. 1943 wurde die Unabhängigkeit von den Niederlanden erklärt und im August 1945 musste Japan nach seiner Kapitulation das Land wieder verlassen. Der 17. August 1945 war ein bedeutender Tag in der Geschichte Indonesiens, die Unabhängigkeit wurde endgültig von Sukarno und Mohammed Hatta erklärt. Jedoch einige Inseln waren noch unter niederländischer Kontrolle. Der Niederländisch-Indonesische Krieg von 1947 bis 1948 führte nach anfänglichem Sieg der Niederländer zu einer empörten Weltöffentlichkeit, zu einem verstärkten politischen Druck seitens der Amerikaner und zu einem Guerilla-Krieg, der nicht zu entscheiden war. Im Dezember 1949 wurde die Souveränität an Indonesien zurückgegeben. Lediglich West-Papua blieb unter niederländischer Verwaltung.

Indonesiens neu gegründete Republik wurde von 1966 bis 1998 von dem rechtsgerichteten General Suharto regiert. Er hatte sich mittels Militärputsch gegen den Präsidenten Sukarno durchgesetzt und war seither bestrebt gewesen, jede Opposition radikal auszuschalten. Suharto ließ unter seiner Herrschaft mehr als eine Million Menschen töten, darunter regimekritische Studenten, vermeintliche Kommunisten und Chinesen, es wurden Konzentrationslager in Betrieb genommen, es kam zu Verhaftungen, Scheinprozessen und zu Massakern. Dabei unterhielt Indonesien aufgrund seiner liberalen Wirtschaftspolitik und seiner antikommunistischen Haltung gute Kontakte zu den USA und zur BRD. 1975 besetzte Suharto Osttimor und ließ mehr als ein Drittel der Einwohner töten, Gleiches passierte in West-Neuguinea mit den Papuas. 1998 musste Suharto im Zuge der Asienkrise zurücktreten, das Verfahren wegen Veruntreuung von Staatsgeldern wurde aus Gesundheitsgründen eingestellt.

Nach ihm kam Bacharuddin Jusuf Habibie, 1999 folgte als erster frei gewählter Präsident Abdurrahman Wahid und wurde zwei Jahre später von Megawati Sukarnoputri, der Tochter Sukarnos, abgelöst. Ab 2004 wurde der Präsident direkt gewählt, die Stichwahl im September entschied der General Susilo Bambang Yudhoyono für sich.