Die ältesten Spuren, die auf eine Besielung der Kalahari hinweisen, werden 100.000 Jahre alt geschätzt. Die ersten Völker, die sich hier niederließen, waren die San und die Khoikhoi. Etwa im Jahr 250 n. Chr. immigrierten westafrikanische Batu-Völker, wahrscheinlich aus klimatischen Gründen, in das Gebiet des heutigen Botsuanas und brachten auch die Kunst der Eisenbearbeitung mit.

Ungefähr im Jahr 650 n. Chr. entstand der Staat Toutswe. Man lebte vom Pflanzenanbau und der Viehzucht und man weiß, dass auch Keramiken hergestellt wurden. Der Staat Toutswe existierte bis um das Jahr 1300 n. Chr. . Wahrscheinlich waren aufstrebende Nachbarstaaten Grund für den Niedergang der Kultur. Die Völker der Batswana, Basotho und Bakgalagadi siedelten dann im heutigen Botsuana. Im 19. Jahrhundert kam es im Rahmen der Zulukriege zu Auseinandersetzungen, welche die Batswana stark schwächten.

Die ersten Missionare und Händler erreichten Botsuana um 1840. Fünf Jahre später wurde die erste Missionsstation im heutigen Botsuana gegründet. Der deutsche Afrikaforscher Karl Mauch entdeckte 1867 große Goldvorkommen, was die westlichen Interessen im Land gesteigert haben dürfte.

Die südafrikanischen Buren flohen im 19. Jahrhundert vor den Briten nach Botsuana, wo sie die ortsansässigen Tswana angriffen und teilweise zu Sklaven machten. Außerdem erhoben sie Steuern. Die Gemeinden Botsuanas baten erstmals 1876 die Briten um Hilfe, die daraufhin auch im Rahmen von Schutzverträgen zugesprochen wurde. Im September 1885 wurde das heutige Botsuana britisches Protektorat und “Betschuanaland“ genannt. Tswana Könige konnten durch eine Reise nach London verhindern, dass die ‘‘British South Africa Company‘‘ Zusagen zur Ausbeutung des Landes erhielt. Während des Protektorates zählte “Betschuanaland“ zu den ärmsten Ländern Afrikas.

Die Briten entschieden 1964 über die Unabhängigkeit Botsuanas. Ein Jahr später wurde die Hauptstadt aus dem südafrikanischen Mafikeng nach Gaborone verlegt, wo sie auch heute noch liegt. Im selben Jahr fanden auch die ersten Wahlen des Landes statt, welche die Botswana Democratic Party mit über 80% der Stimmen überdeutlich für sich entschied. Am 30. September 1966 wurde Botsuana unabhängig und trat dem British Commonwealth bei. Die Unabhängigkeit und die Entdeckung eines Diamantenlagers beschwerten Botsuana einen deutlichen wirtschaftlichen Aufschwung.

Mit Tansania, Angola und Mosambik schloss sich Botsuana 1974 zu den sogenannten ‘‘Frontstaaten‘‘ zusammen, welche die namibischen und südrhodesischen Befreiungsbewegungen unterstützten. Fünf Jahre später schlossen sich diese mit Malawi, Lesotho, Sambia, Simbabwe und Swasiland zur ‘‘Südafrikanischen Entwicklungskonferenz‘‘ zusammen (SADCC). Nach dem Beitritt Südafrikas 1992 nennt sich diese ‘‘Südafrikanische Entwicklungsgemeinschaft‘‘ und hat ihren Sitz in Gabarone, der Hauptstadt Botsuanas. Botsuana ist seit 1998 Mitglied der UNESCO.