Die vielen Fundstätten (vor-) menschlicher Fossilien zeigen, dass schon seit etwa vier Millionen Jahren Menschen in Kenia siedelten. Diese Nomaden lebten in der Region als Jäger und Sammler. Um 2000 v. Chr. wanderten kuschitischsprachige Völker von Norden in das heutige Kenia ein. Ab etwa 500 n. Chr. wurde das Gebiet durch nilotisch- und bantusprachige Völker besiedelt. Dreihundert Jahre später kamen die ersten arabischen Seefahrer, die mehrere Siedlungen an Kenias Küste gründeten. Darunter war auch das heutige Mombasa und Lamu. Diese Küstensiedlungen waren stark arabisch und islamisch geprägt. Von dort aus handelten die Siedler mit Gold und Elfenbein. Auch afrikanische Sklaven wurden verschifft. Die Araber brachten die islamische Religion und Kultur in diese Region. Als diese sich mit den Kulturen der dort wohnhaften Bantustämmen vermischten, entstand die Suaheli-Kultur. Es entwickelte sich auch eine eigene Sprache. Die arabischen Einflüsse sind auch bis heute in Architektur und Kultur sichtbar.

Zu Zeiten der großen Seefahrer wurde auch das heutige Kenia von den Europäern entdeckt. Im Jahre 1498 erreichte der Portugiese Vasco da Gama Mombasa. Im Laufe der folgenden Jahre kamen immer mehr Portugiesen nach Kenia und sie besetzten die gesamte Küstenregion. Nach Kämpfen mit den Südarabern mussten die Portugiesen ihre Kontrolle über ihre Handelsniederlassungen an den Oman abgeben. Es folgten weitere 150 Jahre Kämpfe um die Rechte der Küstenregion. Im Jahre 1822 konnte sich der Sultanat von Oman-Sansibar endgültig durchsetzen. Die Briten zeigten Anfang des 19. Jahrhunderts immer mehr Interesse an dem Gebiet des heutigen Kenias. Das Landesinnere wurde nun weiter erkundet, auch um an mehr Elfenbein zu kommen. Die Massai eroberten im 19. Jahrhundert ebenfalls immer mehr Gebiete in Ostafrika und waren daher bei den Siedlern gefürchtet. Deutschland und Großbritannien einigten sich Ende des 19. Jahrhunderts darüber, dass das Gebiet des heutigen Kenias und Ugandas als" Britisch-Ostafrika" unter britischer Verwaltung stehen sollte. Ohne Rücksicht auf die Landesansprüche der Einheimischen dehnten sich die Briten immer weiter aus. Sie bauten Kaffee, Bananen und Tee an. Ebenso begannen sie mit dem Bau einer Eisenbahnstrecke von Mombasa bis zum Viktoriasee. Mit diversen Versorgungsrouten und -stationen stieg die Gier der Siedler und sie nahmen sich immer mehr Land. Die Landwirtschaft wurde wichtiger und weiter ausgebaut, sodass die Produkte in den Weltkriegen als Reserve für die Briten dienen konnten.

Im Ersten Weltkrieg wurden Tausende Afrikaner zum Kriegsdienst gezwungen. Jeder dritte Kenianer starb. Der Austausch mit anderen afrikanischen Kulturen während des Krieges hatte starken Einfluss auf das politische Bewusstsein der Kenianer. Obwohl zu Beginn des 20. Jahrhunderts immer mehr europäische Siedler in diese Region kamen, keimte die Idee der Unabhängigkeit Kenias auf. Die Einheimischen versuchten, mit Organisationen Mitspracherecht an der Regierung und ihr Land einzufordern. Diese Organisationen wurden zwar zu Beginn des Zweiten Weltkriegs verboten, dennoch formierten sie sich zum Ende des Krieges wieder neu. Die "Kenya African Union" wurde 1944 von den Kikuyu, Luo und anderen Gruppen gegründet. Die Briten gingen nicht auf die Unabhängigkeitsforderungen ein und daher häuften sich die Konflikte im Land. In 1952 gipfelten diese im "Mau-Mau-Aufstand". Die bewaffneten Aktivitäten wurden hauptsächlich von Nairobi aus geführt. Die Kikuyu führten diese bis 1956 andauernden Aufstände an. Insgesamt kamen bei den Unruhen weit über 10.000 Menschen um. Die meisten waren einheimische Aufständische. Die Anführer kamen ins Gefängnis und viele Anhänger wurden in Lager gebracht. Nach dem Ende des Aufstands sagten die Briten aber doch den Unabhängigkeitszielen zu. In den folgenden Jahren bildeten sich zwei große politische Akteure: die "Kenya African National Union", die sich an die "Kenya African Union" anlehnte, und die "Kenya African Democratic Union". Letztere stand vor allem für die kleineren Bevölkerungsgruppen und forderte eine föderalistische Struktur für ein unabhängiges Kenia. In den ersten Wahlen war die "Kenya African National Union" stärkste Partei. Der ehemalige Anführer der "Kenya African Union", Kenyatta, wurde Premierminister. Am 12. Dezember 1963 erlangte Kenia die Unabhängigkeit.

Ein Jahr nach der Unabhängigkeit wurde Kenia zur Republik unter Kenyatta als Staatspräsidenten. Dieser setzte sich dafür ein, dass die schwarze Bevölkerung ihr Land zurück bekam, allerdings gegen Bezahlung. Die kenianische Wirtschaft blühte zu Zeiten Kenyattas. Der Ausbau des Bildungssystems kam ebenfalls voran. Als die "Kenya African National Union" gegen oppositionelle Parteien vorging, kam es zu Unruhen. Durch eine Verfassungsänderung im Jahre 1982 wurde sie zur einzigen Staatspartei. Die Unruhen brachen aber nicht ab. Kenia wurde immer zentraler verwaltet und Kenyatta stellte mehr Vertraute in Regierungspositionen ein. Anfang der 1990er Jahre wurde wieder einem Mehrparteiensystem zugestimmt. Die folgenden freien Wahlen gewann aber erneut die "Kenya African National Union". Die Unzufriedenheit im Land stieg. Zum einen war der Bevölkerung die Demokratisierung zu langsam und zum anderen hatten sie mit Dürren, Überschwemmungen, Seuchen und AIDS zu kämpfen. Bei den Wahlen 1997 gewann wieder die "Kenya African National Union" und die Oppositionellen warfen ihnen Wahlbetrug vor. Erst im Jahr 2001 wurden erstmals oppositionelle Minister ernannt. Auch bei den Wahlen 2007 kam es zu Protesten und Unruhen. Ein Jahr später gingen die Konfliktparteien einen Kompromiss ein und die Regierungspartei ernannte einen Oppositionellen zum Premierminister.